L’attività dell'Unità Operativa Complessa di Microbiologia e Virologia è finalizzata alla diagnosi e alla prevenzione delle patologie causate da batteri, micobatteri, virus, funghi e parassiti; la struttura si avvale di metodiche tradizionali ed innovative in continua evoluzione dal punto di vista tecnologico, con l'introduzione di strumentazione automatizzata che consente di eseguire in modo rapido e sicuro le varie indagini diagnostiche e ne garantisce la standardizzazione.

L'offerta diagnostica è rivolta ai pazienti in regime ambulatoriale e ai pazienti in regime di ricovero e funge da supporto al territorio per diverse prestazioni infettivologiche di secondo livello.

Principali attività in batteriologia, micologia e parassitologia:

• coltura ed identificazione di microrganismi patogeni: batteri, funghi e parassiti; 
• determinazione della sensibilità agli antibiotici e predisposizione di referti sulla base di criteri orientati alla clinica;
• diagnostica delle infezioni dei principali organi, con tipizzazione di batteri, funghi e parassiti mediante tecniche antigeniche e molecolari;
• diagnostica tradizionale dell'infezione malarica e delle parassitosi del sangue;
• diagnostica molecolare rapida di meningo-encefaliti;
• diagnostica molecolare delle principali malattie sessualmente trasmissibili;
• diagnostica colturale e molecolare della tubercolosi e di altre malattie da micobatteri;
• sorveglianza microbiologica delle infezioni mediante rilevazione sistematica di “patogeni sentinella”;
• campionamenti ambientali di routine o in corso di eventi epidemici.

Principali attività in virologia:

• diagnostica molecolare quali-quantitativa e monitoraggio delle principali infezioni ad eziologia virale mediante tecniche molecolari;
• diagnostica molecolare rapida di infezioni virali gravi.

Altre attività in evidenza: la U.O.C. di Microbiologia e Virologia

• è parte attiva del Comitato di Controllo delle Infezioni (CIO) nelle varie unità operative dell'azienda nella stesura di procedure per l’attuazione di azioni di prevenzione e sorveglianza per il controllo delle infezioni nosocomiali e in particolare per limitare la diffusione dei germi sentinella (Germ Alert);
• offre una consulenza ai clinici ospedalieri e del territorio della provincia in merito a vari aspetti riguardanti la scelta delle indagini diagnostiche e l'interpretazione dei risultati;
• partecipa al programma di sorveglianza delle antibiotico-resistenze (AR-ISS/EARS-Net) ed è laboratorio di riferimento regionale nel sistema di sorveglianza dell’antibiotico resistenza (Si.Re.Ar);
• è struttura di riferimento regionale di secondo livello per le province di Avellino e Benevento in materia di tubercolosi; 
• partecipa al programma di sorveglianza genomica SARS-CoV2 coordinato dall’I.S.S. per il monitoraggio delle varianti del virus SARS-CoV-2 di interesse in sanità pubblica in Italia;
• partecipa al programma di sorveglianza genomica dei patogeni respiratori (>180 batteri, > 50 funghi, > 40 virus e >2000 resistenze antibiotiche note) coordinato dal Telethon Institute for Genetics and Medicine - Progetto Coverage;
• fa parte della Rete Regionale CoroNet-Lab Campania;
• partecipa a specifici programmi internazionali di Verifica Esterna di Qualità (VEQ).

MICROBIOLOGIA

Diagnostica microbiologica delle malattie da infezione:

• • esame microscopico per batteri, parassiti e miceti e colorazioni differenziali;
  • ricerca diretta ed identificazione con metodi colturali tradizionali, biochimici ed immunologici in materiali biologici vari;
  • identificazione sensibilità agli antibiotici con sistemi automatici integrati di un programma esperto che elabora i risultati ottenuti nel rispetto delle linee guida aggiornate (EUCAST, NCLSI).

Sorveglianza e prevenzione delle infezioni correlate all’assistenza (ICA):

• • ricerca molecolare di batteri Multi Drug Resistant (MDR) quali Stafilococco Aureo Meticillino Resistente (MRSA) ed Enterobatteri Produttori di Carbapanemasi (CPE).

Diagnostica microbiologica delle infezioni dell’apparato gastroenterico:

• • ricerca di Salmonella tiphy, Shigella, Campylobacter e Yersinia enterocolitica con metodi colturali;
  • ricerca di Rotavirus, Adenovirus, E. Coli 157, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium parvum con metodi rapidi immunocromatografici;
  • ricerca Tossine A/B di Clostridium difficile con test immunocromatografico e metodica RT-PCR;
  • ricerca con metodica molecolare multiplex di Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporium spp., Blatocystis hominis, Dientamoeba fragilis, Cyclospora cayetanensis
  • determinazione quantitativa dell’antigene Calprotectina fecale mediante immunodosaggio.

Diagnostica microbiologica delle infezioni dell’apparato respiratorio:

• • ricerca con metodi colturali di germi comuni e miceti;
  • rilevazione qualitativa degli antigeni di Streptococcus pneumoniae e Legionella pneumophila con test rapido immunocromatografico.

Diagnostica microbiologica del liquido cefalo-rachidiano:

• • esame microscopico, ricerca antigeni batterici solubili ed esame colturale;
  • identificazione rapida con metodica molecolare multiplex di Enterovirus, Herpes simplex virus 1, Herpes simplex virus 2, Human parechovirus, Human herpes virus 6, Varicella zoster virus, Streptococcus pneumoniae, Neisseria Meningitidis, Streptococcus agalactiae, Listeria monocytogenes, Haemophilus influenzae, Escherichia Coli K1, Streptococcus pyogenes, Mycoplasma pneumoniae, Cryptococcus neoformans/gattii.

Diagnostica microbiologica delle micobatteriosi tipiche ed atipiche:

• • ricerca del Mycobacterium tubercolosis con tecniche microscopiche e colturali sia in fase liquida che solida (MGIT);
  • ricerca del Mycobacterium tubercolosis complex e delle principali specie di Micobatteri non tubercolari (MOTT) con metodica RT-PCR;
  • antibiogramma su MTC con farmaci di prima scelta (Streptomicina, Isoniazide, Rifampicina, Etambutolo, Piraminazide) in fase liquida.

Diagnostica immunologica della tubercolosi latente mediante il test QuantiFERON ®-TB Gold Plus

Diagnostica microbiologica delle infezioni fungine:

• • esame microscopico, colturale ed antimicogramma;
  • ricerca antigeni fungini nel siero (1-3-β-D-glucano e Galattomannano);
  • ricerca DNA Aspergillus con metodica molecolare RT-PCR;
  • dosaggio anticorpi IgG Candida albicans germ tube antibody (CAGTA).

Diagnostica microbiologica delle infezioni del torrente circolatorio:

• • emocolture per microrganismi aerobi ed anaerobi ed immunodosaggio della Procalcitonina sierica.

Diagnostica microbiologica delle infezioni dell’apparato genitourinario ed esame del liquido seminale

Diagnostica microbiologica delle infezioni della cute e dei tessuti molli

Diagnostica molecolare delle Infezioni Sessualmente Trasmesse (Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum, Trichomonas vaginalis, Chlamydia trachomatis e Neisseria gonorrhoeae).

VIROLOGIA

Diagnostica virologica diretta mediante tecniche di biologia molecolare per:

• • infezioni delle vie respiratorie: Influenza A virus, Influenza B virus, Respiratory syncitial virus A, Respiratory syncitial Virus B, Influenza A virus-H1N1, Influenza A virus-H1N1pdm09, Influenza A virus-H3N2, Adenovirus, Enterovirus, Parainfluenza virus 1,  Parainfluenza virus 2, Parainfluenza virus 3,  Parainfluenza virus 4, Metapneumovirus, Bocavirus, Rhinovirus, SARS-CoV2,   Coronavirus NL63, Coronavirus 229E, Coronavirus OC43, Mycoplasma pneumoniae, Clamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis;
  • cardiopatie ad eziologia virale;
  • epatiti virali: Virus dell’epatite B (HBV), C (HCV), A (HAV), D (HDV) ed E (HEV) ed AIDS (HIV);
  • infezioni del sistema nervoso centrale: Cytomegalovirus, Epstein Barr Virus, Human Herpes Virus 6, Human Herpes Virus 8, Herpes Simplex Virus 1, Herpes Simplex Virus 2, Varicella Zoster Virus, Poliomavirus JC, Enterovirus;
  • infezioni materno-fetali: Cytomegalovirus, Herpes Simplex Virus 1, Herpes Simplex Virus 2, Parvovirus B19, Varicella Zoster Virus;
  • infezioni gastrointestinali: Norovirus GI, Norovirus GII, Rotavirus, Adenovirus, Astrovirus, Sapovirus, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporium spp., Blatocystis hominis, Dientamoeba fragilis, Cyclospora cayetanensis – percorso feci non formate;
  • ­infezioni virali cutanee e mucosali: Herpes simplex virus 1, Herpes simplex virus 2, Varicella zoster virus, Enterovirus e Papilloma virus;
  • mononucleosi infettiva (Epstein barr virus) e malattie esantematiche (Parvovirus B19, Varicella zoster virus);
  • monitoraggio virologico della risposta alla terapia delle epatiti da virus B (HBV) e C (HCV) (doppio metodo analitico di pari sensibilità);
  • tipizzazione genomica HCV (epidemiologia dei genotipi);
  • indagini molecolari per lo screening dei potenziali donatori d’organo;
  • monitoraggio virologico dell’infezione e della risposta alla terapia nei pazienti trapiantati: Cytomegalovirus, Epstein barr virus, Human herpes virus 6, Human herpes virus 8, Herpes simplex virus 1, Herpes simplex virus 2, Parvovirus B19, Poliomavirus (JC e BK virus);
  • rilievo e tipizzazione Papillomavirus per lo screening e il follow-up del cancro alla cervice uterina: identificazione dei diversi genotipi (doppio metodo analitico: rt-PCR e metodica basata sul principio dell'ibridazione inversa:
    • basso rischio oncogeno (6,11,40,42,43,44,54,61,62,67,81,83,89,70);
    • alto rischio oncogeno (tipi 16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66 68, 69,73,82).

Ricerca di antigeni di Helicobcter phylori in campioni fecali con test immunoenzimatico.

Diagnostica molecolare virologica “Fast Lab” con l’utilizzo di piattaforme molecolari rapide e strumentazioni di ultima generazione per la gestione nel paziente critico ed acuto di:

• • meningoencefaliti: Enterovirus, Herpes simplex virus 1, Herpes simplex virus 2, Human parechovirus, Human herpes virus 6, Varicella zoster virus, Streptococcus pneumoniae, Neisseria Meningitidis, Streptococcus agalactiae, Listeria monocytogenes, Haemophilus influenzae, Escherichia Coli K1, Streptococcus pyogenes, Mycoplasma pneumoniae, Cryptococcus neoformans/gattii;
  • infezioni respiratorie: SARS-CoV2, Influenza A virus, Influenza B virus, Respiratory syncitial virus.

Diagnostica molecolare virologica per ricerca di target multipli a risposta automatizzata con approccio sindromico:

• • pannelli sindromici per virus neurotropi;
  • pannelli sindromici per virus respiratori;
  • pannelli sindromici per virus gastroenterici;
  • pannello liquido pericardico;
  • pannello cardiologico;
  • pannello virus erpetici polmoniti;
  • pannello lesioni vescicolari.

QCMD (Quality control for molecular virology diagnostics):

• • Human Cytomegalovirus DNA EQA, BK virus DNA EQA, Varicella zoster virus DNA EQA, Enterovirus RNA EQA, Herpes simplex virus DNA EQA, JC Virus DNA EQA, Epstein-Barr Virus DNA EQA, Adenovirus DNA EQA;
  • SARS-CoV2.